La survenue d’une hypoxie fœtale est une complication grave d’un accouchement, source de morbi- mortalité néonatale.

Pour surveiller l’état fœtal au cours du travail, les professionnels de l’accouchement utilisent la cardiotocographie.

Son interprétation, qui repose sur l’analyse visuelle du tracé, est soumise à une grande variabilité.

Plusieurs techniques d’analyse logicielle du rythme cardiaque fœtale ont été explorées, mais à ce jour aucune n’a montré sa supériorité.

But du projet. – L’objectif principal est l’élaboration d’un outil d’aide à la décision portant sur l’analyse du tracé de cardiotocographie durant tout le travail jusqu’à la naissance, associée aux données médicales
obstétricales, pour prédire l’acidose fœtale, définie par un pH artériel au cordon < 7,15.

Matériel et méthodes. – Tout accouchement survenu entre 2020 et 2025 sur les CHU Grenoble-Alpes, Saint- Etienne, Clermont-Ferrand et Lyon (HFME, Croix-Rousse, Lyon Sud) pour lesquels un tracé de cardiotocographie est disponible, sera inclus. Chaque tracé de cardiotocographie sera associé aux données obstétricales correspondantes et aux résultats biologiques de gaz du sang au cordon correspondants.

L’European Surveillance of Congenital Anomalies (EUROCAT) estime que la prévalence des malformations congénitales majeures est de 23,9 pour 1 000 naissances.

L’échographie pendant la grossesse est l’examen clé utilisé pour identifier ces anomalies.

Aujourd’hui, malgré les avancées technologiques en matière de tests génétiques (puces à ADN chromosomiques, séquençage de l’exome entier et du génome), plus de 50% des cas restent sans diagnostic. Nous savons que les télomères jouent un rôle crucial au cours du développement embryonnaire précoce. Le maintien de la longueur des télomères (LT) durant les premières semaines du développement est essentiel pour assurer les nombreuses divisions cellulaires indispensables à un bon développement embryonnaire et fœtal. Plusieurs études récentes chez l’homme et la souris ont montré une corrélation entre une LT basse et la survenue de malformations congénitales.

Certaines des malformations inexpliquées pourraient donc résulter d’une altération des mécanismes de maintien des télomères.

Cependant, à ce jour, les données de la littérature sont encore insuffisantes et des preuves supplémentaires sont nécessaires pour que cette association puisse être définitivement établie et que les généticiens considèrent les variants génomiques impliquant les gènes de maintien des télomères comme potentiellement pathogènes. Ces gènes ne sont donc pas priorisés par les logiciels de filtrage des variants utilisés pour interpréter les résultats de séquençage d’exome ou de génome. Ce projet vise à étudier les corrélations entre le raccourcissement des télomères et les anomalies congénitales en étudiant par RNA-seq le transcriptome de 25 fœtus présentant des malformations sévères et des télomères courts.

Les résultats seront ensuite confrontés à ceux du séquençage d’exome réalisé dans le cadre du diagnostic à la recherche de variants potentiellement pathogènes dans les gènes candidats précédemment identifiés au RNA-seq.

Le Pr Tchirkov a une grande expertise dans la biologie des télomères en onco-hématologie et en génétique constitutionnelle, 3 travaux récemment publiés, encadrés par le Pr Goumy, ont montré la forte association entre la présence de télomères courts et la survenue d’anomalies du développement.

Les résultats de cette étude génomique et transcriptomique nous permettront d’identifier de nouveaux variants et gènes candidats régulateurs de la longueur des télomères caractérisés par des associations significatives entre les niveaux d’expression de ces gènes, la présence de variants génomiques qui les affectent et la longueur télomérique.

L’objectif de ces travaux est d’augmenter le rendement diagnostique et d’améliorer le conseil génétique des anomalies du développement, notamment en période prénatale

Réaliser une étude cas-témoin d’une analyse métabolomique du liquide amniotique par LCMSMS (plateforme de métabolomique des HCL « micronutribiota ») chez des cas d’enfants avec un diagnostic post natal d’atrésie de l’œsophage (AO) comparés à des enfants nés sains afin de définir de nouveaux marqueurs biologiques.

Un appariement des cas et des témoins sur le sexe du fœtus, l’âge gestationnel, l’intervalle de l’âge maternel, les pathologies maternelles, et parité sera réalisé. Objectifs : i) Analyser la signature métabolomique du liquide amniotique des fœtus atteints d’atrésie de l’œsophage (comparativement aux enfants sains) : recherche de nouveaux biomarqueurs de l’atrésie de l’œsophage dans le liquide amniotique ii) Déterminer s’il existe une différence entre les sous types anatomiques d’atrésie de l’œsophage iii) Analyser le rôle de ces biomarqueurs dans la physiopathologie de l’AO le cas échéant.

L’étude pourra être ensuite étendue à d’autres maladies de diagnostic prénatal, comme les retards de croissance intra-utérins.

Objectif à long terme d’avoir un spectre de « signatures métabolomiques d’anomalies anténatales ».